Thèse Caractérisation de Petits Peptides Sécrétés Impliqués dans les Mécanismes de Défense du Pommier H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT École doctorale : École doctorale Végétal, Animal, Aliment, Mer, Environnement Laboratoire de recherche : Institut de Recherche en Horticulture et Semences Direction de la thèse : Sebastien AUBOURG ORCID 0000-0002-0695-4767 Date limite de candidature : 2026-06-20T00:00:00 La pomiculture, très dépendante des pesticides pour lutter contre sa cohorte de bioagresseurs, doit aujourd'hui trouver des alternatives afin de réduire l'usage de produits chimiques. Le projet souhaite explorer l'usage des petits peptides sécrétés, capables soit de jouer un rôle signalétique dans la défense des plantes, soit d'agir directement comme agents antimicrobiens. L'objectif est d'identifier, chez le pommier, les gènes codant ces peptides et d'évaluer le potentiel de certains d'entre eux en biocontrôle. La thèse proposée combine bioinformatique, transcriptomique et approches génétiques pour découvrir et valider de nouveaux peptides capables de renforcer les défenses naturelles du pommier et/ou d'agir directement contre deux de ses principaux pathogènes, Venturia inaequalis et Erwinia amylovora . Le.a doctorant.e bénéficiera des compétences et des expertises des équipes BIDEFI et ResPom de l'IRHS qui collaborent étroitement sur cette thématique ainsi que de leurs collaborateurs. Des données RNA-seq (interactions pommier-agents pathogènes) sont déjà disponibles pour alimenter le projet. La technologie CRISPR-Cas9 qui sera utilisée sur le pommier pour produire les mutants des gènes candidats est maitrisée. Un outil de diagnostic moléculaire (qPFD®, brevet WO/2011/161388) permettant de mesurer simultanément l'expression de 30 gènes de défense du pommier est disponible et facilitera le criblage des peptides candidats à effet éliciteur. Le protocole pour les tests antimicrobiens est déjà en production (collaboration CIRM-CFBP, plateau HiMic). Cette thèse tirera également partie de l'exploration du contenu en peptides des fluides apoplastiques du pommier en cours de réalisation. Le.a doctorant.e bénéficiera des équipements et infrastructures de biologie moléculaire, biotechnologie, culture in vitro, biochimie, et phénotypage végétal (plateforme PHENOTIC) disponibles à l'IRHS et à la SFR QuaSaV. L'utilisation excessive des traitements phytosanitaires chimiques est une menace croissante pour la biodiversité et la santé humaine. La forte réduction, ou interdiction à terme, de l'utilisation de ces produits est nécessaire pour aller vers une agriculture écologiquement responsable, mais laisse souvent les producteurs sans solution de remplacement efficace. Dans ce contexte (plans Ecophyto), il apparait urgent de trouver, pour la culture du pommier comme pour d'autres espèces végétales, des solutions de lutte alternatives idéalement basées sur des mécanismes naturels, respectueux de la santé et de l'environnement. A l'IRHS, nous nous intéressons au potentiel des petits peptides sécrétés ( Small Secreted Peptides , SSPs) pour l'élaboration de nouvelles stratégies de luttes contre les microorganismes phytopathogènes. Certains de ces peptides présents dans les fluides apoplastiques sont des acteurs impliqués dans les mécanismes complexes mis en place par la plante pour répondre à l'attaque par des agents pathogènes ou à des signaux de l'environnement. Ils peuvent jouer un rôle dans la communication intercellulaire (on parle alors de phytocytokines) et/ou peuvent avoir un rôle microbiocide vis-à-vis des agents pathogènes. La diversité des SSPs semble considérable et sous-explorée, offrant de nombreuses pistes à étudier. L'exploitation de ce réservoir de gènes mal connu ouvre de nouvelles perspectives d'alternatives aux pesticides : de petite taille (5-50 aa), pouvant être synthétisés chimiquement et appliqués de manière exogène, agissant directement sur les bioagresseurs ou induisant des signaux de défense, les SSPs sont en effet des candidats d'intérêt pour la mise en place de nouvelles méthodes de lutte. La découverte de nouvelles molécules sans effet néfaste pour l'environnement et la santé humaine, idéalement sélective des espèces ciblées, est donc un défi scientifique et sociétal majeur. Identifier les SSPs jouant un rôle dans la réponse des pommiers à ses principaux agents pathogènes, et comprendre leur mode d'action au niveau moléculaire (interaction directe, signalisation) sont des étapes indispensables pour définir les peptides pouvant être utilisés, à terme, comme outils de biocontrôle pour une gestion durable des vergers.